Havza Anadolu Lisesi 1993-1994 öğretim yılında ilçemiz 25 Mayıs mahallesinde bulunan 25 Mayıs ilkokulunun tek katlı,5 sınıflı binasında 72 öğrenci ile eğitim öğretime başlamıştır.1995-1996 öğretim yılında derslik sayısı yetmediğinden şimdiki Havza Lisesi pansiyon binasından da bir süre yararlanmıştır.1998-1999 yılında ise şimdiki kullanılan yeni binasına taşınmıştır. Okulumuz 23.06.2015 tarihinde Fen Lisesi'ne , 15.06.2018 tarihinde ise Proje Okulu'na dönüştürüldü. Aynı Bahçe içersinde 132 Kız ve 102 Erkek Öğrenci olmak üzere 234 kapasiteli öğrenci pansiyonu ile hizmet vermektedir.